כנס האגודה הישראלית להנדסה חקלאית ISAE הנערך מדי שנה בארץ הוא אירוע משמעותי ופורום טכני חשוב במתן הזדמנות לחילופי מידע בין מדענים במחקר, אנשי פיתוח והדרכה, הוראה, וייצור של טכנולוגיות חקלאיות חדשניות הקשורות ביצור החקלאי. הכנס נערך לסירוגין בקריה החקלאית בבית דגן, בטכניון בחיפה ואחת לארבע שנים לצד התערוכה החקלאית הבינלאומית אגריטך. הכנסים בעבר התקיימו בשנות 2003, 2005, 2007 בקריה החקלאית בבית דגן ובשנות 2004, 2006, 2008 בטכניון בחיפה ובשנת 2010 בגני התערוכה בתל אביב לצד התערוכה החקלאית הבינלאומית אגריטך בהשתתפות מדענים ואורחים מחוץ לארץ. כנסי האגודה בשנים 2013, 2014, 2015, 2016 ו- 2017 התקיימו בקריה החקלאית בבית דגן בשיתוף עם שה"מ-שירות הדרכה ומקצוע של משרד החקלאות והפקולטה להנדסה אזרחית וסביבתית בטכניון, חיפה.
האגודה הישראלית חברה באגודה העולמית של כלל האגודות להנדסה חקלאית בעולם, CIGR, במקביל לאגודה האמריקאית של מהנדסים חקלאיים, ASABE, והאגודה האירופית להנדסה חקלאית, EurAgEng, ועוד אגודות רבות אחרות.
חברי האגודה משלמים דמי חבר שנתיים אשר נגבים במועד סמוך לכנס השנתי וכוללים השתתפות בכנס, תיק הכנס, קובץ תקצירים אמצעי כתיבה, כיבוד ומזנון צהריים. בעד תשלום קטן נוסף, זכאים החברים להימנות כחברים באגודה הבינלאומית של כלל האגודות להנדסה חקלאית בעולם, CIGR המאפשר קבלת דמי ההרשמה מופחתת בכנסים של האגודה האירופאית להנדסה חקלאית, EurAgEng.